Замок Глубока был основан чешскими королями в первой половине XIII в. изначально как сторожевая крепость и часто отдавался в залог под займы короны, будучи королевским имуществом. В качестве владельцев замка сменилось несколько аристократических родов. К числу известных, например, относится род Пернштейн, представители которого обустроили в 1490 г. лежащий рядом пруд Бездрев, являющийся по своей площади вторым в Чехии.
Выдающийся аристократический род панов из Градца приобрел имение Глубока в 1561 году. Через два года новые владельцы провели перестройку готической крепости в ренессансный замок. Следующим владельцем имения, в конце XVI в., стал род Маловцев из Маловиц, которых в связи с их принадлежностью к протестантам в 1619 г. лишили имущества. Четырьмя годами позднее, как вознаграждение за военные заслуги, замок от императора Фердинанда II Габсбурга получил испанский генерал дон Балтазар дэ Маррадас.
От его племянника в 1661 г. Глубоку купил Ян Адольф I Шварценберг. Шварценберги пребывали в замке до конца 1939 г., когда последний хозяин Д-р Адольф Шварценберг эмигрировал перед приходом нацистов за океан. Шварценберги окончательно лишились своего имущества вступлением в законную силу в 1947 г. особого закона, носившего название «Лекс Шварценберг» (Lex Schwarzenberg). Благодаря весьма успешному управлению имением и обширной хозяйственной деятельности Шварценберги два раза проводили строительное преобразование замка. Сначала, в начале XVIII в. была проведена перестройка в стиле барокко, позже в 1840-1871 гг.
осуществилась обширная реконструкция в романтическом стиле «новой готики» включавшая благоустройство парка и окружающего ландшафта. Замок был перестроен под влиянием дорожных впечатлений владельцев того времени, князя Яна Адольфа II Шварценберга и его супруги княгини Элеоноры, урожденной принцессы Лихтенштейн, от их путешествий по Англии. Главным прототипом проекта послужил замок Виндзор. Перестройка была начата по чертежам венского архитектора Франца Беера, после его смерти проектирование, осуществлявшееся главным образом в области роскошных интерьеров, продолжал шварценбергский строитель Дамасиус Деворецкий.